Fakultas pertanian merupakan salah satu bagian dari Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, yang didalamnya terdapat tiga jurusan salah satunya adalah jurusan agroekoteknologi. Sejalan dengan tuntutan masyarakat dan kebutuhan akan perlunya sarjana-sarjana pertanian bergerak dalam bidang produksi pertanian, maka Fakultas Pertanian Universitas Sultan Ageng Tirtayasa pada Tahun Akademik 2000/2001 membuka jurusan baru yaitu jurusan Agronomi jenjang S-1 dan mendapat izin menyelenggaraan berdasarkan SK Dirjen DIKTI Nomor : 046/B/T/2002, kemudian sesuai Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi, Nomor : 001/BAN-PT/Ak-XI/S1/IV/2008, tanggal 18 April 2008, tentang Hasil dan Peringkat  Akreditasi Program Studi untuk Program Sarjana (S1) di Perguruan Tinggi, bagi Program Studi Agronomi sudah terakreditasidan sesuai SK BAN-PT, Nomor : 017/BAN-PT/Ak-X/S1/X/2006.
Sesuai Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 163/DIKTI/Kep/2007, tanggal 29 November 2007, perihal perubahan nama program studi yang disesuaikan dengan nama baru, yakni dari Program Studi Agronomi menjadi Agroekoteknologi.
Jumlah tenaga pengajar tetap pada Jurusan Agroekoteknologi saat ini sebanyak 22 orang yang mempunyai kualifikasi Guru Besar: 2 Orang, S3: 2 Orang, S2: 18 Orang, dan saat ini hampir semua dosen kualifikasi S-2 sedang melaksanakan tugas belajar S-3 dengan berbagai disiplin ilmu. Saat ini jumlah mahasiswa Jurusan Agroekoteknologi tahun 2016 sebanyak 426 orang. Jumlah lulusan sampai tahun 2015 sebanyak 59 orang. Lulusan Agroekoteknologi dalam bekerja tersebar di beberapa lapangan pekerjaan seperti Dinas, BUMN dan swasta.
Sejalan dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan skills yang harus dimiliki setiap lulusan, maka jurusan agroekoteknologi telah melakukan pengembangan kurikulum pada tahun 2014. Hal tersebut dilakukan untuk meningkatkan kompetensi yang dimiliki oleh setiap lulusan. Bidang ilmu yang menjadi kajian di jurusan agroekoteknologi meliputi ilmu tanaman, media tanam, teknologi, dan lingkungan.
Jurusan agroekoteknologi merupakan suatu upaya turut sertanya Faperta Untirta dalam menunjang pembangunan nasional dan daerah terutama dalam pengembangan pemanfaatan dan pengelolaan sumberdaya alam (SDA) dan sumberdaya Manusia (SDM) khususnya di sektor pertanian. Upaya tersebut diwujudkan dalam bentuk kerjasama dengan instansi pemerintah, swasta, dan Perguruan Tinggi. Kondisi tersebut diharapkan dapat memberikan peluang bagi lulusan jurusan agroekoteknologi untuk berkiprah di instansi pemerintah, swasta, maupun menjadi wiraswasta.