Tujuan utama Audit Mutu Internal adalah mengembangkan budaya mutu berkelanjutan, meningkatkan kinerja institusi, dan memastikan bahwa setiap unit kerja di Universitas Sultan Ageng Tirtayasa dapat mencapai standar yang telah ditentukan. Melalui proses audit yang komprehensif, universitas dapat mengidentifikasi peluang perbaikan, mengukur efektivitas sistem manajemen mutu, serta mempersiapkan diri dalam menghadapi proses akreditasi eksternal, baik pada tingkat program studi maupun institusi.